根据硅藻的用途和使用行业的要求，硅藻土需要经过深加工，改变其粒度的分布状态及表面性质。在深加工过程中，整个工艺包括磨粉、煅烧、选矿三大工艺。具体流程为：大块的原矿→破碎→一段磨矿及干燥→二段磨矿及干燥→预分级→旋风器分离→粉状产品(可作为终产品)→入硅藻土回转窑煅烧(或加熔剂煅烧)→磨矿冷却→分选分级→填料级或助滤剂级产品。其中破碎和磨粉工艺和一般的石料加工相似。
在选矿的时候，硅藻土选矿一般是采用重力选矿方法，分为干式和湿式两种。当硅藻土矿属于高品位矿石时，可采用干式分选，就是采用空气分离机等除掉脉石，或采用旋转式干燥机除掉有机物、易挥发物和水分。而对于其低品位矿石，主要会采用湿法分选，具体是利用水力旋流器等除掉密度较大的脉石杂质。
有的行业对硅藻土品味要求不高，这时候采用粗选工艺即可。粗选工艺主要包括破碎、混合、磨碎和烘干。因为原生硅藻土含水分高，对于聚块破碎主要按下列情况进行，即：先将原矿用颚式破碎机破碎成粒状，然后进行磨矿。
与此同时，通过热气携带悬浮颗粒，在热气中，悬浮颗粒通过一些列风扇、旋流器、分离器和袋滤室，后把粉末分离成各种粒级，把无用的不纯物质去掉，排出所吸附的水分，即得成品，袋装或散装经销。
相对来说，硅藻土用途广泛、加工工艺丰富，根据其具体使用行业采用不同的加工工艺。
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