常用的提纯方法有酸浸法、擦洗法、焙烧法、离旋—选择性絮凝法、干法重力层析分离法、热浮选矿法和综合提纯法等。
不同产地硅藻土的往往具有不同的形状结构和孔系分布，在生产和应用过程中，应予以注意。
为了改善硅藻土污水处理的效果和范围，需对硅藻原土进行提纯、活化、扩容和改性等处理。对硅藻土进行一定的酸、热等活化、扩容处理，可改善硅藻土的一些表面性质，从而提高污水处理的效果。彭书传通过利用等量的酸活化、热活化及未经活化的硅藻土制成的复合净水剂处理印染废水的对比实验表明，酸活化和热活化均可提高硅藻土的处理能力。向硅藻精土中加入一定比例的其他物质，可制成适合不同性质和种类污水的改性硅藻土，既提高了硅藻土的污水处理效果，又扩大了其应用范围。云南王庆中先利用纯物理湿法选矿工艺将低品味的硅藻原土提纯得到硅藻含量为90%～98%的硅藻精土，再根据不同的污水类型和水质特征，向此精土中加入不同数量的絮凝剂(硫酸铝、氯化铝、聚丙烯酰胺或三氯化铁等常见的无机或有机絮凝剂)，得到具有很好吸附、混凝作用的改性硅藻土污水处理剂。
吉林远通矿有限公司技术中心现拥有员工42名，从事硅藻土开发、研究的高中级职称专业技术人员18名，拥有国内外先进的硅藻土专项检测仪器20余台套，检测项目包括硅藻土产品的结晶硅含量、SiO2、A12O3、Fe2O3、TiO2等化学成份;产品颗粒分布、白度、渗透率、饼密度、筛余物等;食品安全要求的铅、砷等微量重金属元素，可溶性铁离子、可溶性铝离子、PH值等项目检测。
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